到了镰仓时代，将禅宗传到日本的荣西，开始在日本九州栽种从中国带回来的茶。建保二年（1214），荣西把茶和自己所撰写的著作《吃茶养生记》一起献给了镰仓幕府将军源实朝，成为茶在武士阶级普及的契机。《吃茶养生记》中所讲的宋代蒸制的散茶，也可以说是日本现在的抹茶的原型，似乎是将蒸制的茶粉碎，然后注入开水，再用竹刷刷起沫饮用。他还把茶种送给了宇治（京都南部）的华严宗僧人明惠上人（1173—1232），明惠上人使用这种茶种在京都的栂尾高山寺种茶，后世所谓的“宇治茶”就从这里起源。这里被认为是日本最早的茶园，茶在日本的栽培和喝茶习惯的普及，也是从“宇治茶”开始。
栂尾的茶被称为“本茶”而与其他的茶相区别。从镰仓末期到南北朝，以寺院为中心的茶园从京都扩展到地方,伊势、伊贺、骏河、武藏等地也开始栽培茶叶。在同一时代，赴中国学禅之后归国的曹洞宗僧侣道元，以中国禅寺的清规为基础，撰写了《永平清规》一书，在其中言及“茶礼”这一供茶的礼法。
贞应二年（1223），日本陶匠加藤四郎左卫门曾赴宋学习陶器的技术，回国后在尾张国的濑户开窑，成为“濑户烧”始祖，而“濑户烧”所制造的茶碗等，也为饮茶习惯的进一步普及做出了贡献。而日本僧人南浦绍明，在文永四年（1267），从中国的径山寺首次带回了饮茶的专用台子。
到了室町时代，足利幕府将军足利义满（1358-1408），对宇治茶给予特别的庇护，战国时代的将军丰臣秀吉（1537-1598）继承了室町幕府保护宇治茶生产的传统，使宇治茶形成品牌，而到了安土桃山时代，宇治开始了对茶的“覆下栽培”，所谓“覆下栽培”，就是在茶的新芽生长时，用遮光材料遮在茶园上面，在一定的时期内遮光栽培的方法。由于遮住了光，会出现露天栽培的茶中所没有的鲜绿色、独特的芳香、圆润的口感及甜味等。在这个时期，宇治也开始加工高级的碾茶。
而有日本学者认为，其实日本的茶文化的根源，在中国云南的少数民族那里。
日本学者福田一郎在他的《常绿阔叶林中的云南与日本的食文化》一文中指出：茶的原产地在云南的西双版纳，人们熟悉的普洱茶种的“普洱”二字，是这个地方一个小城的地名。古来作为茶叶的集散地很有名。现在中国各地及印度、斯里兰卡、日本等地都生产茶，但是茶原本是西双版纳野生的树叶，开始的时候并没有作为一种饮料，而是在身体的某个部位肿了的时候涂上消肿，后来那里的人们把这种树叶煎煮后作为利尿剂使用，这曾经作为一种民间疗法中的药，被现地的所有少数民族使用，而在公元前8世纪到公元前4世纪的春秋时代，茶从云南运送到了各个诸侯那里。
茶在公元前5世纪的《晏子春秋》中登场，但是在那里写作“茗菜”，而把茶作为一种饮料来喝是在三世纪的三国时代以后，在郭璞所著的字典《尔雅注》中，才把茶称呼为“茶”：“树小似栀子，冬生，叶可煮羹饮。今呼早取为荼，晚取为茗，或一曰荈，蜀人名之苦荼。”福田一郎认为：从那个时代开始，就有早茶和晚茶之分，很令人吃惊，而茶生长在云南的内地，并不是那么简单就可以采集到的，使茶得以普及的，是六世纪陆羽写作《茶经》之后的7世纪后半的唐代。当然福田一郎对茶的历史的探究只是他的一家之言，还有许多学者有不同的看法。
福田一郎为了寻找日本茶的源流，曾访问了西双版纳接近勐海的南糯山的哈尼族村庄，想找到处于野生状态的茶树。在当地的一名小学男教师的带领下，他看到了野生茶树，这种茶树和云南松混杂在一起自生，当地的人们也不按着季节去收获树上的茶叶，而是需要时就去采摘。在附近的人家，他们看到了人们把发酵的茶放在锅里炒，使发酵停止，然后自制青茶。福田一郎经过观察、研究并结合以往学者的研究成果认为：这就是遣唐使从中国带到日本的那种茶，也就是在中国唐代人们经常饮用的青茶。在续嗣编著的《日本后记》（841年版）中，有如下的记载：“弘仁六年四月十五日，嵯峨天皇在滋贺的韩崎行幸，在崇福寺停留的时候，大僧都永忠献上从中国带来的煎茶，天皇喝了之后感到特别高兴。”
不仅是茶，日本人认为他们文化中有许多传统都来源于中国的少数民族，如古代的走婚习惯，曾经存在过的对歌求婚的“歌墟”传统，甚至他们认为中国少数民族的神话也和日本的《古事记》《日本书纪》中的神话相通。
日本在上世纪70年代以后，所谓“常绿阔叶林文化论”在日本的文化人类学研究中产生了一定的影响，简单地说，这种理论认为：构成日本生活文化基础的几个要素集中在以中国云南为中心的东亚半月弧地带，并从这一带经过长江流域、台湾延伸到日本西南部的常绿阔叶林地区，这些相同的文化要素可能是从共同的发源地传播的。因此许多日本学者和日本人对中国云南的少数民族文化兴趣盎然，经常去云南进行“寻根之旅”，并乐此不疲。原题：《日本的茶文化来源于中国少数民族》之二。